Ошибка заключается в том, что `margin` при задании в процентах высчитавается *относительно ширины*. Так написано [в стандарте](http://www.w3.org/TR/CSS2/box.html#margin-properties).

При этом не важно, какой отступ: левый, правый. верхний или нижний. Все они в процентах отсчитываются от ширины. Из-за этого и ошибка.

Ситуацию можно исправить, например, заданием `margin-top/margin-bottom` в пикселях, если это возможно или, в качестве альтернативы, использовать другие средства, в частности, `position` или `padding-top/padding-bottom` на родителе.